查尔斯顿大学是一所独立的综合性大学，于1888年由美国卫理公会教派南部圣公会始建于西弗吉尼亚州巴伯斯维尔地区，当时叫巴伯斯维尔神学院（BarboursvilleSeminary）。1935年，学校应查尔斯顿商界的要求迁往州府查尔斯顿市。1942年，学校脱离了宗教命名并于1942年取得独立。自1935年至1960年，学校分别与卡纳华专科学校和梅森美术音乐学院进行了部分合并。为体现学校与当地社区的紧密联系以及认可其专业的多样性，查尔斯顿大学理事会于1978年12月13日将学校改为现名查尔斯顿大学。

查尔斯顿大学占地300亩，较为著名的建筑就是巴克勒和莱尔克雷塔楼。该建筑高七层，配备了价值1800万美元的信息和科学设备，包括一个计算机中心和一个信息通讯区。图书馆，植物学、动物学、物理学、化学、生物学、地质学和环境科学等实验室都在这一区域内。校内的7个微机室都配有互联网接口。学生可用计算机提交作业，在线与教师和同学聊天或写信。学校还要求所有高年级学生使用专业的硬件和软件。老师们都用电脑来批改作业、同时还可在线邀请专家学者来评论学生的功课、甚至还可以用专门的软件来识别学生是否在自己做作业。